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蛋白质翻译后修饰预测工具

翻译后修饰(PTM),也称为共价修饰,是蛋白质翻译后的化学修饰过程。通过对肽链进行蛋白水解切割,向单个氨基酸添加各种官能团(例如磷酸化),或通过改变氨基酸残基的化学性质(例如瓜氨酸化),各种PTM会创建或破坏共价键,从而改变蛋白质的结构,定位和功能,在几乎所有的细胞信号通路和网络中发挥重要作用,并确定细胞动力学和可塑性。尽管已发现350多种类型的PTM,但由于缺乏足够的分析数据,因此只有少数PTM得到了很好的表征。PTM底物及其位点的实验鉴定是劳动密集型的,并且通常受到酶促反应的可用性和优化的限制。计算机模拟预测可能是进行初步分析并大大减少需要进一步体内或体外确认的潜在靶标数量的有前途的策略。

以前,已经使用计算方法研究了几种类型的PTM,例如磷酸化,糖基化,硫酸化和肉豆蔻酰化等。但是,这些程序的预测性能仍有待提高。Cuckoo工作组专注于开发更严格的计算模型和设计更有效的算法,以加强PTM的研究。除了众所周知的磷酸化PTM外,他们还考虑了其他几种新的PTM,包括sumoylation,棕榈酰化和赖氨酸/精氨酸甲基化等。我们开发了几种易于使用的在线web工具和可下载的软件。例如,CUCKOO 团队分别基于GPS和贝叶斯决策理论算法构建了GPS和PPSP来预测磷酸化位点。他们设计了CSS-Palm来预测棕榈酰化位点。此外,CUCKOO 团队开发了MeMo的在线工具,用SVMs算法预测赖氨酸/精氨酸甲基化位点。此外,该团队构建了SUMOsp的在线工具来预测SUMO化位点,主要是使用GPS算法。他们还调查了SUMO底物的功能多样性,并对蛋白激酶A(PKA)特异性底物进行了大规模预测。将在不久的将来提供更多的分析。

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最近,他们有开发一个预测泛素化的工具GPS-Uber。文章发表在: Brief Bioinform

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地址:http://biocuckoo.cn

各种PTM预测工具在左侧:

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另外,该团队还开发了很多工具和数据库:

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其他类似的工具还有 UbiNet2.0(一个包含两千多对人类E3和底物互作关系的数据库,有实验验证,比较全,同时也可以下载PPI数据),还从各个数据库收录了100多万对人类的蛋白质互作信息。

网址:https://awi.cuhk.edu.cn/~ubinet/index.php

PLMD赖氨酸修饰数据库:http://plmd.biocuckoo.org/


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