discovery studio 简介

discovery studio是基于windows/Linux系统开发的面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境软件，服务于众多实验生物学家、药物化学家、结构生物学家等等，是非常强大且可靠的科研软件。

discovery studio 4.5还细分了众多模块，从最基本的界面和显示模块到一些蛋白质模拟模块，药物发现和设计模块等等，让我们的用户可以轻松的对各种各样那个的生命科学进行模拟研究。

模块简介

基本界面和显示模块
·Discovery Studio Standalone
可视化界面，是利用Discovery Studio软件进行分子设计和模拟的基础，支持服务器-客户端安装在同一台机器上的运行模式。与Pipeline Pilot Server结合在一起，提供化学/生物学数据显示、模拟/分析、构建三维分子、展示动态变化、三维作图及许多其它功能。
·Discovery Studio Visualizer Client
是服务器-客户端运行模式中、客户端的可视化界面，用于访问和使用服务器端的Discovery Studio软件。必须与服务器端配置的Pipeline Pilot Server协同工作，为用户提供无与伦比的数据、工作流程和计算资源共享。
蛋白质模拟模块
·DS MODELER
只要给出未知结构序列与另一个已知三维结构蛋白的比对，利用工业标准的快速同源模建方法，便可自动并快速产生优化的蛋白同源模型。对于靶标发现及蛋白家族功能结构分析，MODELER是一个理想的解决方案。用MODELER还可以模拟蛋白突变，进行loop区模建及基于结构的比对并构建有配体结合的蛋白结构模型。结合Sequence Analysis模块，可以全自动完成抗体Loop区模建。结合Discovery Studio里模拟及以结构为基础的药物设计的功能模块，用MODELER还可以深入研究蛋白结构及功能的关系。
·DS Protein Refine
利用CHARMm对模建好的蛋白质进行侧链和loop区的优化，提高蛋白质模型的准确性。
·DS Protein Health
蛋白质三维结构合理性评价工具。Protein Health模块运用Profiles 3D方法，通过将三维结构的结构环境与特定氨基酸残基的优先外界环境相比较，获得相关结构性质与氨基酸序列信息之间的关系。通过Protein Health模块的分析，用户可以方便快速地找到蛋白质结构中不合理的区域。
·DS Protein Families
通过分析某一蛋白家族蛋白序列的保守模式以及在三维结构上的保守残基的位置，可以在分子水平上更好地了解到蛋白功能机制。Protein Families的简单易用的流程（protocols），也可一步步地引导用户进行分析，从蛋白家族的序列或者结构比对，到进化踪迹分析。而进化踪迹分析包括用分层聚类的方法来建立蛋白家族系统树图以及把这些得到的功能注释信息画到你的三维结构上去。进行序列比对时，允许根据需要对比对结果添加约束，提高活性部位关键残基的比对效果。
·DS Sequence Analysis
与功能已知的其它蛋白的序列进行比对，是确定某一蛋白生物功能的第一步。用Sequence Analysis也可以让用户通过通用的BLAST及PSI-BLAST算法来搜索本地数据库或者NCBI网上数据库，确定蛋白序列的同源区域。结果在交互的报告格式里面显示以方便进行进一步的分析及在其它Discovery Studio模块里面的使用。使用Blast搜索PDB或PDB_nr95数据库时，结果文件中可以显示输出蛋白质的SCOP ID, Ligand ID以及X射线分辨率等信息。

新特性

•与最新发布的Pipeline Pilot 9.5相兼容；
•新！新增Antibody Modeling Cascade模块，该protocol可以基于一系列抗体轻链和重链序列快速构建单个或多个抗体Fab区或Fv区的3D模型；
•新！新增Assign ForceField Types (Prototype)功能，为charmm36、charmm27和charmm22力场提供一种新的分配原子类型的方法，该方法将传统的同模板基于名称进行匹配替代为基于结构进行匹配，一旦结构匹配，即赋予相应力场；
•增加基于Web Viewer报告组件的WebGL原型，可以在浏览器中创建含3D交互式界面的HTML报告，无需安装任何插件；
•2D Ligand Interaction Diagram功能可以支持Discovery Studio中所有的非键作用类型，并改进了2D图形的性能、可靠性和布局，可针对不同类型非键作用进行有针对性的修改；
• Predict Protein Ionization and Residue pK模块包含新的计算功能：
• 可以在特定pH和离子强度环境下形成一个全质子化的分子模型；
• 基于pH环境计算分子的偶极矩；
•基于pH环境计算静电势对溶剂化和固态状态之间溶剂能差异的贡献，ΔΔGSolv；
•  Annotate Antibody Sequence模块可基于Chothia Canonical Loop定义方式注释抗体序列的CDR区，并且可以识别出种系基因V和J基因可匹配的抗体VL和VH区；

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