对于miRNA靶基因的预测而言,目前有很多数据库都可以做。这些数据库的区别基本上在于纳入的数据量以及预测的算法不同。预测的结果总是有一些不同的,所以也就导致各个数据库的结果可能不是很一样。我们在做miRNA调控基因预测的时候,经常需要寻找很多个数据库来预测,进而取交集来说明结果的稳定性。今天就给大家介绍一个收集了多个数据库来预测miRNA调控的数据库:miRNANet (https://www.mirnet.ca/miRNet/home.xhtml)。
数据类型输入
这个数据库提供了多种数据输入的方式,可以满足我们对于miRNA靶基因预测的各种需求。
1.输入相关想要预测的ID来获得miRNA调控信息。这里输入的ID包括:miRNA、基因、lncRNA、circRNA、小分子物质、转录因子、表观遗传调控因子、假基因。
2.提供基因的表达数据,从表达矩阵开始到差异表达再到miRNA调控网络一起做完。
3.提供miRNA的q-PCR的结果,分析差异表达的miRNA顺带的预测其靶基因。
数据库对于每一个选项都提供了详细的实例,如果有同学需要使用的的话,可以通过例子来输入即可。我们这里就以其中一个,输入基因来预测miRNA调控网络来进行举例。
在输入基因进行miRNA预测的时候,我们来进行制定物种选择合适的选项之后。点击submit即可。
提交完之后,我们点击下一步Proceed。就可以获得结果了。结果的界面当中包括