自噬（autophagy）又称II型程序性细胞死亡，指任何涉及溶酶体降解细胞溶质成分的胞内过程，分为三大类，即巨自噬、微自噬和分子伴侣介导的自噬。作为一种细胞自我保护机制，自噬广泛参与调节细胞生存和死亡过程，与机体发育、免疫失调、神经退行性疾病、应激、感染、糖尿病和肥胖及肿瘤等病理生理过程有关。整个自噬过程中，mTORC1处于起点位置，饥饿、内质网应激、缺氧、蛋白质累积和辐射等条件激活自噬，PI3K/Akt和MAPK/ERK1/2信号激活，抑制mTORC1活性，降低ATG13磷酸化水平，进而促进Beclin-1依赖的细胞自噬过程。线粒体自噬是在线粒体损伤时，PINK蛋白招募E3连接酶Parkin，线粒体膜蛋白通过Parkin多聚泛素化作用招募自噬连接蛋白SQSTM1/p62、NBR1和Ambra1聚集，进而诱导自噬。另外，BNIP3和BNIP3L/NIX聚集在线粒体膜，以非泛素化机制聚集自噬机制因素，进而在某些细胞类型中诱导自噬体的形成。上述自噬过程及相关调控机制详细内容如图所示（图片引自CST：https://www.cellsignal.cn/pathways/autophagy-signaling-pathway）。
▌数据库概览
Human Autophagy Database数据库网址为（http://www.autophagy.lu/index.html），数据库简称HADb，提供直接或间接调解自噬过程的人类基因/蛋白质信息，基因信息部分提供GBrowse或Ensembl链接，蛋白质信息有蛋白家族、转录后修饰、相互作用、蛋白结构及功能、细胞定位、同工型等），subsection clustering部分提供自噬相关蛋白基序、位点和结构域信息。
菜单栏点击Autophagy为自噬简介，与前述内容类似。
菜单栏点击Submission，为提交个人自噬相关研究数据说明。
▌数据库核心功能及操作演示
1
Look for Gene
Look for Gene模块用于查询感兴趣基因/蛋白在自噬方面的功能注释，输入Gene symbol、Accession、Chromosome或关键词进行检索，以示例WIPI2基因为例。
结果显示WIPI2基因基本信息，别称为Atg21，含有与phosphoinositides相互作用的结构域WD repeat domain，点击红色基因名查看详细信息。
结果中Gene部分提供WIPI2基因基本信息，基因组位置为Chr7:5229834...5273485 (+) NC_000007.13，长度为43652nt。Alternative name(s) and Synynom(s)部分为既往研究中基因别称。详细的WIPI2基因信息可点击External Links中链接至Ensemble、Entrez、HGNC或HPRD数据库查看。
Comment部分为WIPI2基因功能描述，WIPI2具有7叶螺旋结构，含有与磷脂相互作用的保守基序，调节蛋白质复合物组装。[PubMed 15602573]。
Biography部分提供WIPI2基因有关自噬研究的文献，Pubmed收录有57篇。
2
Clustering
Clustering模块Gene List部分，点击GeneID进入基因详细信息页面，与前述类似。
Clustering模块Proteins有三个部分：Motifs部分展示与自噬相关含有某结合基序的基因，以BH1为例，有4个基因；Domain部分展示某蛋白与自噬相关的结构域，以BAG为例，BAG3含有两个结构域，BAG1含有一个结构域； Site部分展示与自噬相关的蛋白互作位点，Activates thiol group during catalysis表示激活硫醇基团，为G3P基因179-179位点。
▌文献案例
以上就是HADb数据库的全部内容，开发并维护数据库不易，小伙伴们使用时别忘记致谢来自于Laboratory of Experimental Cancer Research实验室的Guy Berchem团队哦~!
来源：挑圈联盟 撰文：弘毅
