科研星球

序列比较工具MetaLogo

今天就介绍一个简单好用的的工具 

MetaLogo:  http://metalogo.omicsnet.org/about 

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数据库使用

在 MetaLogo 当中点击Analysis即可进行序列的分析。

序列分析

分析的第一步就是上传数据,在数据上传当中,需要指定上传的数据类型是 [[Fasta基因序列格式]] 还是 FASTQ 的。其他的则主要是上传序列文件。可以直接粘贴到数据库当中也可以上传一个序列文件。

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之后就是来选择序列分析的方法和进化树可视化的类型。其中关于序列比对的结果可以是横向的也可以是放射性的等等

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最后则可以选择比对结果图片的格式。比如图片的题目,导出的格式等等

在选择好之后,点击Submit即可进行分析。

结果展示

在序列比对结果展示的主要就是下面这个进化树 ➕后面的序列比较的 [[转录因子调控|motif]]。

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再往下可以看到输入的序列长度的统计汇总,包括总共序列长度的汇总分布

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同时还可以看到序列之间相关性的热图等等。

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以上就是 MetaLogo 的主要使用方法了。主要还是用来快速分析多个序列之间的相关程度。同时生成一个还算不错的进化序列。当然如果想要更好的可视化树的话,那还是得用 ggtree。


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