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想做线粒体课题却苦于没数据?这个MitoCarta3.0 数据库为你打开研究大门!

前面给大家推荐了干湿结合从线粒体角度研究非肿瘤疾病诊断及治疗靶点的经典思路(今年最强发文热点推荐——线粒体,这样设计思路,文章投不中都难,看了就明白了!),既然是经典,就免不了被模仿被超越(复现或迁移)。就复现或迁移而言,现在咱们思路有了,分析方向确定了,接下来就要落脚到执行环节。


执行的第一步则是核查可用数据和准备相关基因标签(即2.0时代的基因家族,特指在细胞生命活动的某一个环节一起发挥作用的基因或在基因表达调控的某一个环节一起发挥作用的基因,详见科研er的生信分析2.0时代已经来临!错过就等下一班吧!),数据有储存数据的数据库(如TCGA、GEO、SCEA等),基因标签也有储存基因标签的基因标签数据库,常见基因标签如Molecular Signatures Database,今天咱们介绍一个专门收录线粒体相关基因标签的数据库——MitoCarta3.0


数据库来源

MitoCarta3.0数据库于20211月发表在Nucleic Acids Res上(一个经常发一些实用数据库的期刊,包括家喻户晓的KEGG数据库的每次更新),文章标题:MitoCarta3.0: an updated mitochondrial proteome now with sub-organelle localization and pathway annotations

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收录信息

MitoCarta3.0数据库收录了1136个人类和1140个小鼠的蛋白编码基因这些基因均定位在线粒体定位上。除此之外,MitoCarta3.0数据库还提供基因的亚线粒体定位注释信息,并将基因分配到149个线粒体term

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如何下载

数据库首页即可直接下载,且下载文件为excel表格文件,不得不说,这很友好很nice~

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线粒体基因标签有哪些

你所关注的线粒体的细化方向,比如线粒体凋亡,线粒体自噬,线粒体免疫,线粒体氧化应激,线粒体电子传递,线粒体铜代谢等等,都能这里找到答案。


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