科研星球

最全的常用病毒数据库汇总

1.GISAID,链接:https://www.gisaid.org/phylodynamics/global/

GISAID (Global initiative on sharing all influenza data)倡议促进快速共享所有流感病毒和导致COVID-19的冠状病毒的数据。这包括人类病毒相关的基因序列、临床和流行病学数据,以及鸟类和其他动物病毒相关的地理和物种特异性数据,以帮助研究人员了解病毒在流行病和大流行期间如何进化和传播。

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GISAID的数据来源于全球14000名研究人员和1500个机构,其独特的数据共享机制可以促进相关研究取得快速进展,例如推动对COVID-19认知和相关医疗对策的研发。GISAID针对新型冠状病毒开发的EpiCoV数据库。
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CNGBdb网址:https://db.cngb.org/gisaid/

在生命科学步入大数据时代的背景下,国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)作为国内最大的生物大数据中心之一,汇集了国家基因库及全球其他重要数据源的公开数据,同时提供可信共享计算平台等多种应用工具,致力于为科研工作者提供生物大数据共享和应用服务。

2.ViralZone,链接:https://viralzone.expasy.org/
ViralZone是SIB 瑞士生物信息学研究所所有病毒属和科的网络资源,提供一般分子和流行病学信息,以及病毒粒子和基因组数据。每个病毒或家庭页面都可以轻松访问UniProtKB/Swiss-Prot病毒蛋白条目。

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3.Virus-Host DB,链接: https://www.genome.jp/virushostdb/

Virus-Host DB组织有关病毒与其宿主之间关系的数据,以病毒及其宿主的 NCBI分类对应的ID形式。Virus-Host DB涵盖具有完整基因组的病毒,这些病毒存储在①NCBI/RefSeq和②GenBank中,其登录号在EBI Genomes中列出。主机信息是从RefSeq、GenBank、UniProt、ViralZone收集的,并使用通过文献调查获得的附加信息进行手动管理。


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4.BV-BRC,链接: https://www.bv-brc.org/

BV-BRC (Bacterial and Viral Bioinformatics Resource Center,细菌和病毒生物信息学资源中心) 是一个信息系统,旨在通过将病原体信息与丰富的大数据和分析工具相结合,支持生物医学研究界在细菌和病毒传染病方面的工作。BV-BRC结合了来自两个长期运行中心的数据、技术和广泛的用户社区:PATRIC(细菌系统)和 IRD/ViPR(病毒系统)。除了PATRIC中的数十万个细菌基因组和IRD/ViPR中超过一百万个病毒基因组外,这两个资源还包含蛋白结构和功能、临床研究、药物靶点和耐药性、流行病学和其他特征的数据,并提供开放的用于数据分析和基因组注释的源工具。


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5.COVdb,链接:https://covdb.stanford.edu/

COVdb可用于SARS-CoV-2 突变分析,可以使用文本输入每个SARS-CoV-2基因、Spike、RdRP、nsp1-10(包括PLpro和3CLpro)、nsp13-16、ORF3a、E、M、ORF6、ORF7a、ORF8、N和ORF10的突变盒。键入或粘贴由一个或多个空格分隔的突变。突变应该以基因名开头,然后是一个冒号。对于Spike蛋白,基因名称和冒号是可选的。参考野生型和分隔逗号是可选的。如果在一个位置有多个氨基酸混合物,写下两个氨基酸(中间的斜线是可选的)。插入用“ins”表示,删除用“del”表示。


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6.Reference Viral DataBase (RVDB),网址:https://rvdb.dbi.udel.edu/

RVDB由FDA CBER的Arifa Khan小组开发,用于使用二代测序 (NGS) 技术增强病毒的检测。RVDB以非聚集 (U-) 和聚集 (C-) 核苷酸序列文件的形式提供。生成和更新RVDB涉及的脚本和步骤已被组装到一个管道(在mSphere中报告),并且可以在GitHub 上获得说明。RVDB的蛋白版本由巴斯德研究所的Marc Eloit小组开发(RVDB-prot和RVDB-prot-HMM)。蛋白RVDB可用于补充使用这些核苷酸数据库的分析。

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7.Pathogen Databases,链接:https://www.lanl.gov/collaboration/pathogen-database/

该数据库包括很多病毒数据库,如①HIV 和 HCV 数据库包含有关病毒基因序列、免疫表位、耐药性相关突变和疫苗试验的数据;②丙肝病毒数据库,该项目由美国国家过敏症和传染病研究所 (NIAID) 微生物学和传染病部资助。HCV数据库项目从HIV数据库项目衍生而来,有两个数据库,一个序列数据库和一个免疫表位数据库;③HFV/埃博拉数据库,该数据库包含与埃博拉病毒相关的遗传和免疫学数据,包括搜索界面、基因组浏览器、精选的核苷酸和蛋白质序列比对(在属、种和暴发水平上)、T 细胞表位和抗体结合位点的列表和基因组图谱,重要功能域的列表,以及许多基于 Web 的分析工具。


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当然,其他病毒数据库,还有很多,我们这里作简要的分享。


8.NCBA Virus:www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/

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9.Human-Virus Interaction DataBase:http://zzdlab.com/hvidb/

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10.VirusMINT:https://www.hsls.pitt.edu/obrc/index.php?page=URL1232734234

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11.Virhostome:http://interactome.dfci.harvard.edu/V_hostome/

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12.PaVE:https://pave.niaid.nih.gov/

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13.ERVd:https://herv.img.cas.cz/

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14.COGdb:https://vogdb.org/

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15.HPV Sequence Database:http://hpv.unl.edu/HPV/Database.html

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