2019 年，国家科技评估中心对 1270 个结题项目进行了抽样评价，包括 704 个面上项目，480 个青年科学基金项目，86 个地区科学基金项目。抽样评价邀请同行专家根据项目的申请书、计划书、年度进展报告和结题报告等已有材料进行。评价结果坚持问题导向，对执行中可能存在问题的项目给予重点关注。抽样评价结果表明，75.58%的项目实施质量良好。
2019 年科学基金按期完成项目资助计划和项目结题工作，结题项目产出情况良好。统计结果显示，中国在各学科最具影响力期刊（各学科领域影响因子最高的期刊）上发表的论文数为 11318 篇，占世界的 18.4%。其中，受科学基金资助产出的高影响力期刊发表的论文为7574 篇，占所有中国发表论文的 66.9%。2009-2019 年我国科技人员发表国际论文 260.64 万篇，比 2018 年增加 14.7%，论文共被引 2845.23万次，增加 25.2%。
我国科技论文发表数量和被引均居世界第二位。
1 实际完成率
2 质量达标率
2019 年科学基金面上、重大和杰青项目实施质量达标，地区基金项目实施质量与原定标准相比略偏低。面上项目、重大项目和杰青项目的实施质量较高。地区基金项目实施质量未达标，需要认真总结分析原因。青年基金项目未设置项目实施质量指标。各类项目实施情况与原定质量标准比较见表 4.6。
3 完成及时性 
2019年科学基金各类项目均按照计划要求按期完成了结题工作。按照管理办法要求，自然科学基金资助项目应在实施期限结束后 60天内要递交结题报告材料。2019 年五类项目均按照管理办法要求按期完成项目结题批准，结题完成时间见表 4.5。
4 成本节约率
按照国家科技计划项目经费管理改革要求，自然科学基金委联合财政部，适时发布《关于进一步完善科学基金项目和资金管理的通知》，目的是提高科学基金项目经费使用效益和引导科研人员节约经费，减少不必要的支出，从而降低科研成本。同时，自然科学基金委通过集中受理项目申请和评审的做法，在管理性成本投入控制方面是47绩效较高的资助机构。2019年自然科学基金委受理25.0516万份申请，管理性经费 3.64 亿元。
