https://www.nature.com/articles/d41586-021-02136-y
最初，Byrne发现5篇报道一项常见实验的论文都有问题，他们用于使癌细胞中目标基因失活的小片段DNA序列是错误的。这些论文还有其它问题，如语言和数据类似，像是第三方公司“按需定制”，再从一家“工厂”里批量生成的。Byrne向期刊主编揭示这些疑点后，其中的4篇文章已经被撤稿。
他们为了评估此类错误在学术期刊中的普遍程度，分别以Gene和Oncology Reports两本SCI期刊为研究样本，检查了Gene期刊2007至2018年发表的7400篇原始论文和Oncology Reports期刊2014年至2018年发表的3800篇开发获取论文。Byrne 研究团队发现，在Oncology Reports 和Gene 检查的论文中，分别有12%和2%的论文存在核苷酸序列错误。 02 Byrne 研究团队还挑选了癌症遗传学3个他们曾经发现问题的领域进行分析：1. 研究特定类型mRNA（一类小片段RNA）在癌细胞中作用的论文；2. 将药物顺铂或吉西他滨作用于癌细胞或癌症患者的研究论文；3. 还有一些报道消除17个基因中任何一个基因的活性以确定它们在癌细胞中功能的论文。他们发现这些领域中检查的约600篇论文中，超过25%的含有核苷酸序列错误。 他们将检查结果发表在bioRxiv的预印本上[2]，结果显示共有712篇论文（约占总筛选论文的6%）在核酸试剂的序列上有错误。这些问题论文发表在78种期刊上，总共被引用了17000多次！（其中有29篇文章发表在Springer Nature 出版社的期刊上，相关杂志称将调查这些文章）。 712篇文章中目前只有11篇文章被撤回，3篇被表达了担忧。Byrne 团队已经向所有问题文章所在期刊或出版社的编辑发了电子邮件，其中一些人回复说，他们将着手调查。 03 对于这些问题文章出错的原因，Byrne认为，确有一些错误的产生是无意为之，但是他们也发现有许多不正确的地方似乎涉及学术不诚信。 例如，有些文章中，本来用于扩增目标DNA的聚合酶链式反应（PCR）试剂，其序列竟然没有与任何已知的人类基因或序列配对！这些研究人类基因功能论文中核苷酸序列出错比例高得离谱，这对于学术界旨在将基因组学研究转化为治疗患者的技术实践是一个重大挑战。 这些问题论文轻则浪费了试图跟进研究的科学家时间，重则导致此研究领域结论不可靠。Byrne 怀疑一些问题论文出自“论文工厂”，与某些医院的研究者有关联。 另一位研究科学实践可重复性和学术诚信的学者，巴西里约热内卢联邦大学的Olavo Amaral 认为，Byrne团队只是挑选了医学遗传的一个特定领域（癌症）发表的论文进行抽查，目前还不清楚这些发现是否代表整个遗传学文献的情况，但这是一个需要正视的问题，他批评某些文章审稿中的同行评议在发现明显错误方面做得很差，这些错误本可以通过系统的质量控制得到更好的处理。例如使用Seek & Blastn软件进行审查。 鉴于Byrne团队的成功实践，一些期刊已经向编辑建议使用Seek & Blastn软件来检查上传稿件中是否存在核苷酸错误。这是Byrne所乐于见到的。为了净化学术圈的氛围，学术侦探Byrne还在继续奋斗，在Seek&Blastn的协助下，更多的问题文章将会“现形”。 参考文献： 1. https://www.nature.com/articles/d41586-021-02136-y 2. Park, Y. et al. Preprint at bioRxiv https://doi.org/10.1101/2021.07.29.453321 (2021). 3. https://www.nature.com/immersive/d41586-017-07763-y/index.html#jennifer-byrne
