《蛋白质的分子建模》第二版提供了各种可用方法的理论背景，并使非专家能够通过包括第一版中未涵盖的更新章节和新材料来将方法应用于他们的问题。这本详细的卷以经典和先进的模拟方法以及建立复杂系统（如脂质膜和膜蛋白）的方法为特色，结合计算技术使用实验数据，以及与药物设计过程相关的蛋白质-配体相互作用。为《分子生物学》系列中非常成功的方法编写，章节包括彻底的介绍、分步说明和关于故障排除和避免常见陷阱的注释。