前段时间有个读者问我一个问题，怎么输出生存分析中研究人群在某个时间点的存活概率。
下面我们来看看怎么输出。
首先生存分析可以使用survival包，使用包里的colon数据集演示。
library(survival) # 加载包
data(colon) # 加载数据集
View(colon) # 查看数据集
# 拟合生存模型
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = colon)
summary(fit) # 输出信息
如上图所示结果，我们输出了不同性别在不同时间点时的生存概率。
结果解读：
第一列为随访的生存时间；
第二列为有感兴趣结局发生风险的研究人群；
第三列为发生感兴趣结局的病例数；
第四列为生存概率或存活概率；
后面几列为误差和置信区间。
上面输出的时间点是函数默认生成的，那么怎么输出指定时间点的生存概率了？比如说30天，60天，180天，365天时。
解决方法也很简单，直接在summary()函数中指定时间即可，代码如下：
summary(fit, time = c(30,60,180,365))
如上图所示，我们就可以得出30，60，180天时的生存概率、误差及置信区间。
上面的sex变量也可以写成1，这样计算的是总人群的生存概率。
# 拟合模型
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data = colon)
summary(fit, time = c(30,60,180,365)) # 输出信息
参考资料
summary.survfit()函数帮助文件
